Такая ошибка возникала из-за ошибочного удаления контейнера в каталоге АД. Проблема решилалась воссозданием одного из контейнеров, удаленного по ошибке при ручной чистке старой информации, и который не восстанавливался автоматически при установке службы. Дополнительно можно смотреть содержимое лога %windir%/certocm.log,  в котором также была ошибка:

Публиковать ЦС в службе каталогов: Объект каталога не найден. 0x8007208d (WIN32: 8333)