Подход описан много раз, например, в статье.

Надо отредактировать блокнотом файл rdp, задавая нужные значения:

для разрешения 1024x768:

screen mode id:i:1

desktopwidth:i:1015
desktopheight:i:715

 

для разрешения 1280x1024:

desktopwidth:i:1276
desktopheight:i:970

Если в терминальной сессии автоматом запускается приложение 1с, то лучше запускать через bat-ник (источник):

@echo off
cd "C:\Program Files\1Cv77\BIN"
start 1cv7.exe

Тогда окно со списком баз будет обычного размера.